Expozice Jezuité v Jindřichově Hradci se zaměřuje na historii jindřichohradecké jezuitské koleje, nynějšího sídla muzea.

Základní kámen muzea byl položen v roce 1594, její zakladatele a podporovatele pány z Hradce, významné osobnosti, které v ní působily jako vyučující nebo žáci, jako Bohuslav Balbín, zakladatel české historiografie, Jiří Josef Camel, botanik a lékárník, po kterém je pojmenovaná rostlina kamélie, František II. Rákóczi, Tomáš Pešina z Čechorodu, jindřichohradecký rodák Adam Václav Michna z Otradovic, hudební skladatel a básník, nebo Florián Paucke, jehož rukopis z jeho misie v Paraguayi uchovává dolnorakouský klášter Zwettl. Součástí expozice je stejnojmenný dokumentární film.