Zatímco rekatolizace na Broumovsku proběhla bez větších konfliktů ještě před skončením třicetileté války, spory měšťanů o rozšíření či alespoň znovunabytí hospodářských a samosprávných svobod a také výrazné zvyšování finančních a robotních povinností poddaných vedly v průběhu století ke dvěma velkým vzpourám proti klášteru, v letech 1680 a 1775.

Po potlačení prvního z nich následovaly ze strany vrchnosti popravy tří hlavních vůdců poddanské rebelie. Těžkou pohromou pro město a celé panství se pak v polovině 18. století staly tzv. slezské války, a to nejen vojenskými průtahy a drancováním celého kraje, ale také jejich politickými důsledky.

Definitivní odtržení Slezska a Kladska od českého království znamenalo zároveň i narušení po staletí udržovaných hospodářských a kulturních styků, které s těmito oblastmi Broumov měl. Katastrofálně byla postižena soukenická výroba, kdy v roce 1744 z původních 252 soukenických mistrů byla nadále činná sotva jedna desetina.