Expozice Armádního muzea Žižkov je rozčleněna na sedm základních částí, podle jednotlivých historických úseků, které mapují vojenské dějiny českého území a českou státnost. Celkem je vystaveno na sedm tisíc exponátů ze sbírky Vojenského historického ústavu Praha.

První část zachycuje období od počátků osídlení našeho území Slovany po rok 1740. Návštěvník vstoupí do expozice a může si prohlédnout exponáty zhruba 30 000 let staré.

Druhá část je zaměřena na roky 1740-1914. Hned po vstupu do expozice si návštěvník může prohlédnout galerii panovníků daného období, jedná se o obrazy Habsburků počínaje Marií Terezií až po Františka Josefa I. Další pasáž je věnována válkám o rakouské dědictví (1740-1748) a sedmileté válce (1756-1763). Následujícím tématem jsou napoleonské války. Najdete tu také období konce 19. století a počátku 20. století, představující nové zbraně tehdejší doby, tématem je modernizace vojenských sil. 

Třetí část je věnována období 1. světové války, následně pak vzniku Československé republiky v roce 1918. Ústředním motivem, který tuto část expozice Armádního muzea Žižkov sjednocuje, je vlak - ten dopravoval vojáky na frontu i zpět do zázemí. K první světové válce se vztahuje i část čtvrtá, kterou je důmyslně se vinoucí a rozsáhlý frontový zákop, kterým návštěvník prochází.

Pátá část se obrací k meziválečnému období 1918-1938. Bohatě je zde dokumentována existence samostatné Československé republiky, jejích armádních složek, zmíněn je i důraz na brannost a brannou výchovu především v období druhé poloviny 30. let.

Šestá část 1939-1948 v prostorově velkorysé expozici je uvozena mimořádným exponátem: kovovým pohraničním sloupem, který byl z našich hranic odstraněn po mnichovské dohodě na podzim roku 1938. Celá expozice druhé světové války je svojí šíří mimořádně bohatá a také prostorově členitá.

Sedmá část expozice zachycuje období let 1948 až po současnost. První sál je pojat jako kopie československé státní hranice, kterou komunistický režim vybavil dráty s elektrickým proudem a hláskami. Další část se věnuje naší armádě po listopadu 1989. Prostor je věnován našemu působení na Balkánu, Blízkém východě, v Mali, ale také Pobaltí či nasazení v Perském zálivu v roce 1991. Velký prostor je věnován dvacetiletému působení v Afghánistánu 2001-2022. 

Specialitou expozice jsou "předměty s příběhem", u nichž je návštěvník informován o osudech exponátu i lidí, kteří jsou s ním spojeni. Četné exponáty jsou opatřeny také QR kódy, návštěvník si tak může pomocí moderních technologií přečíst komplexní a rozšířené informace o daném předmětu.