Samostatná expozice Historie čelákovické Tvrze, od roku 1982 umístěná v suterénní místnosti jižní části objektu Tvrze, prezentuje výsledky stavebně-historického a archeologického výzkumu provedeného v prostorách celého objektu v letech 1972 – 1981.

Seznamuje návštěvníky se stavebním vývojem této nejstarší zachovalé světské stavby v našem městě a částečně podává obraz o životě a kulturní úrovni její obyvatel. Mimo autentických hmotných dokladů získaných v rámci provedeného výzkumu jsou v ní kromě několika dokumentárních fotografií na půdorysných plánech graficky znázorněny jednotlivé stavební fáze, během nichž objekt čelákovické Tvrze procházel úpravami, které měnily její vzhled i rozsah.