Film Čarodějka: Druhá část začíná přesně tam, kde předchozí díl skončil. Elphaba (Cynthia Erivo) přežívá v ústraní v hlubokých lesích země Oz a znepokojivě sleduje, jak ji veřejné mínění čím dál hlasitěji nálepkuje jako Zlou čarodějnici ze Západu a připisuje jí vše špatné, co se v říši děje.

Za nitky přitom tahá Madame Morrible (Michelle Yeoh) ve spolupráci s mýtickým Čarodějem (Jeff Goldblum). Společně k tomu zneužívají krásnou ale lehce prostoduchou Glindu (Ariana Grande), z níž stvořili Elphabin protipól, Dobrou čarodějku, která prý Oz zachrání.

Oba však podcenili jednu zásadní věc – pevnost přátelského pouta, které se mezi Glindou a Elphabou kdysi zrodilo a navzdory všem okolnostem stále trvá. Madame Morrible a Čaroděj můžou spoléhat jen na to, že kamarádky navždy rozdělí princ Fiyero (Jonathan Bailey), protože obě dvě pro něj mají ve svých srdcích speciální místo, ale on si může pochopitelně vybrat jenom jednu.

Když navíc obrovská bouře přinese do země Oz dívku Dorotku až z dalekého Kansasu, nastane chaos, který zkříží plány úplně všem.