Pražská židovská obec zahájila obnovu Jeruzalémské synagogy v roce 1992 opravou a restaurováním vitráží oken s finančním přispěním Magistrátu hl. města Prahy.

V letech 1996–97 byla provedena obnova modlitebny v prvním patře synagogy. Obnova pokračovala v letech 2001–02 restaurováním hlavního průčelí a portálu synagogy. Finančně na obnovu synagogy přispěly Ministerstvo kultury ČR, Magistrát hl. města Prahy a Židovská obec v Praze.

V roce 2004 byla zahájena restaurace nástěnných maleb v interiéru a plánuje se postupná obnova vnitřního zařízení. Již dnes je Jeruzalémská synagoga významnou památkou pražské architektury počátku 20. století a jedním z významných duchovních a kulturních míst pražské židovské obce.

V letních měsících je Jeruzalémská synagoga přístupna veřejnosti, pořádají se zde koncerty a umělecké výstavy.