Kostel svatého Bartoloměje byl postaven v letech 1726-1731 Kiliánem Ignácem Diezenhoferem. Autorem fresek byl Václav Vavřinec Reiner.

Původně zde ve 14. stol. stával dům Jeruzalém s kaplí sv. Máří Magdaleny, který založil po roce 1372 Jan Milíč z Kroměříže jako domov pro kající se padlé ženy. Roku 1374 byl dům proměněn v cisterciáckou kolej u sv. Bernarda. V 16. století přišel řád jezuitů. Ten tu vystavěl kostel sv. Bartoloměje.

Roku 1773 byl jezuitský řád zrušen, zaniká i konvikt. Kostel byl 21.3.1785 na rozkaz vlády zavřen. Poté se z něj stalo skladiště školních knih a dostal se do vlastnictví studijního fondu. O to, aby se kostel vrátil ke svému účelu se zasloužila baronka Gabriela Thysebartová. Dne 16.6.1853 kostel zakoupila a roku 1860 jej darovala Kongregaci Šedých sester sv. Františka.

Sestry zde působily až do roku 1950, kdy byly z přilehlého kláštera vyhnány. Z kláštera se stalo obávané sídlo státní bezpečnosti s vězením a z kostela skladiště.

Kostel byl znovu vrácen sestrám v roce 1995. Po jeho náročné rekonstrukci a restauraci fresek byl v roce 1998 opět posvěcen.

Svatý Bartoloměj byl jedním z dvanácti Ježíšových učedníků.