Emauzský klášter neboli klášter benediktinů při chrámu Panny Marie a slovanských patronů, zvaný Na Slovanech či Emauzy, byl založen 21. listopadu 1347 českým králem a římským císařem Karlem IV. Lucemburským pro řád slovanských benediktinů.
Karel IV. klášter založil na základě privilegia papeže Klementa VI. z 9. května 1346. Ke klášteru založil v roce 1371 kostel zasvěcený Panně Marii, svatému Jeronýmovi, slovanským věrozvěstům Cyrilu a Metodějovi a českým světcům Vojtěchovi a Prokopovi.
Klášter fungoval i v době husitské, kdy unikl vyplenění. Husité jej v roce 1419 převzali a jako v jediném českém klášteře se zde praktikovalo přijímání podobojí, a to až do roku 1589.
V letech 1880 až 1887 byl kostel zvenčí regotizován a uvnitř upraven. Po náletu v roce 1945 musely být odstraněny věže kostela. Až v letech 1965 až 1967 byla provedena rekonstrukce objektu a byly dostavěny dvě asymetrické věže.
