Kostelík Stětí sv. Jana Křtitele byl postaven jako dvoulodní objekt v průběhu 14. století (asi 1380). V době pohusitské byl v neutěšeném stavu, sloužil i k jiným účelům.

Roku 1654 při budování barokní vojenské pevnosti byl z obou stran zkrácen, byly sníženy boční stěny, byl zřízen nový nižší strop ve formě klenby a postupně zvenku zasypán. V roce 1764 byla na severní straně přistavena sakristie a v témže roce byla postavena před pevnostní zdí kaple P. Marie (pro umístění sochy P. Marie šancovské) s průchodem do kostelíka. 

Před kostelem, jenž byl od svého vzniku farním, bylo původně náměstí s radnicí a masnými krámy.