Muzejní expozice, instalovaná v 11 sálech, prezentuje dějiny šumperského regionu a přírodu Šumperska a částečně také Jesenicka. Úvodní sály prostřednictvím fotografií i trojrozměrných exponátů návštěvníky seznamují se zdejšími geologickými poměry, rostlinstvem i živočišstvem.

Historická část muzejní expozice vypráví dějiny regionu od pravěku až do 20. století. V úvodu se zaměřuje na nejvýznamnější regionální archeologické objevy, mezi které patří nálezy z neolitického sídliště u Postřelmova, nálezy z doby bronzové z Temenice nebo poklad středověkých mincí z Postřelmova. V dalších sálech je představen hospodářský, společenský a kulturní vývoj regionu. Návštěvníci si tak mohou prohlédnout exponáty dokládající rozvoj zemědělství, obchodu, řemesel a řemeslných cechů na Šumpersku i četné ukázky výtvarného umění, poznají také nejdůležitější odvětví zdejší průmyslové výroby.

V expozici jsou k vidění i předměty spjaté s jedním z nejtragičtějších období v dějinách Šumperka – s neblaze proslulými čarodějnickými procesy z let 1678 až 1693, které si na severní Moravě vyžádaly 104 životů.